Newsletter Spectra Diagnostic N°7


TRIBUNE

S’appuyer sur cette crise sanitaire sans précédent
pour mieux anticiper les prochaines

François Blanchecotte

Au moment où j’écris ces lignes, l’heure est loin d’être encore au bilan. Nous savons déjà qu’il nous faudra apprendre de cette crise sanitaire sans précédent pour mieux nous préparer aux prochaines. Or les années à venir nous en réservent probablement d’autres, encore plus graves.
À l’heure actuelle, tous les biologistes médicaux et leurs équipes sont engagés dans une lutte contre ce virus. Les laboratoires de ville étant engagés dans la bataille mi-mars, quand la prise en charge des patients a débordé de l’hôpital.
À l’heure de cet engagement, aux côtés des autres professionnels de santé, nous pouvons nourrir des regrets à l’encontre de nos « élites », politiques ou hauts fonctionnaires, qui ont écrit, discuté et voté la loi 2013 sur la biologie médicale… sans vraiment terminer le travail.
En 2010, avec l’aide déterminante du Syndicat des biologistes, la profession s’est battue devant la Cour de justice européenne pour que la biologie médicale soit reconnue comme une profession médicale à part entière. Et nous avons gagné… sauf qu’aujourd’hui nous ne sommes toujours pas entrés comme tels dans le Code de santé publique.
Nous en mesurons avec désespoir les conséquences majeures : pas cités, pas aidés, pas protégés. Nous avons en effet été systématiquement oubliés des services du ministère chargés de préparer les textes de consignes de mise à disposition des masques chirurgicaux, FFP2, etc. Pourtant, ils savent nous solliciter, comme ce fut le cas lorsque j’ai été appelé en urgence pour participer à la rédaction et à la mise en place de l’arrêté de nomenclature pour la prise en charge du Covid-19, et de la circulaire de prise en charge des patients par les laboratoires de ville.
Seule « consolation », nous avons toutefois demandé et obtenu, lors de la signature de l’accord de maîtrise des dépenses de biologie pour les 3 ans à venir, un décalage de son application par Nicolas Revel en cas de chute de nos activités.
Mais ceci est bien peu de chose face à la situation que nous devons affronter. Mes préoccupations vont d’abord vers nos personnels, mes confrères pour qui le dévouement est l’essence de nos métiers. Comme les autres professionnels médicaux, nous sommes au service des patients, de tous ceux qui ont besoin de notre spécialité médicale. Nous pensons aussi bien sûr à tous les Français qui auront du mal à se relever de cette épidémie.
Apprendre de nos erreurs, préparer le pire, voilà ce que nous devrons faire sans attendre, dès que cet épisode aura été surmonté. Il faudra le faire tous ensemble, pas seulement les politiques et les fonctionnaires de leurs côtés. Nous aurons ainsi plus de solutions concrètes et adaptées à mettre en œuvre.

Dr François Blanchecotte
Président du SDB


SPECIAL CORONAVIRUS

Coronavirus : la course infernale des biologistes et des industriels du diagnostic in vitro

Même si le dépistage massif n’est pas (encore ?) à l’ordre du jour en France, il est déjà anticipé par les laboratoires et par leurs fournisseurs.


Les tests nécessaires à la détection du coronavirus ont dans un premier temps été effectués avec les réactifs de l’Institut Pasteur, et restreint aux hôpitaux publics concernés et correctement équipés. Samedi 7 mars, un nouvel arrêté a autorisé les laboratoires de ville à effectuer les prélèvements nasopharyngés nécessaires pour le dépistage du Covid-19, à condition de manipuler ces échantillons respiratoires dans un laboratoire LSB2, certifié PSM2. Cette autorisation, rajoutée aux arrivées massives attendues dans les hôpitaux, a encouragé les industriels du diagnostic in vitro à innover pour proposer de nouveaux tests et des capacités de production nouvelles. Chronique d’une course infernale.

Coronavirus visualisé au microscope électronique.

Novacyt, le premier marquage CE

Dès le 14 février, Primerdesign, filiale de Novacyt, lançait la version marquée CE de son test nCoV. Ce test moléculaire avait été proposé dès le 31 janvier en usage réservé à la recherche (Research Use Only, RUO). Cette rapidité de réponse lui a valu une forte valorisation boursière puisque les commandes sont très vite arrivées, en provenance d’Asie, des USA ou encore du Royaume-Uni, avant même la version destinée aux laboratoires cliniques.
Le test nCoV de Primerdesign a été conçu pour détecter uniquement la souche 2019 du virus, ce qui, selon la société, le différenciait d’un certain nombre de tests concurrents distribués à cette date, qui étaient moins spécifiques et pouvaient réagir à d’autres virus apparentés. Le test Primerdesign peut générer un résultat en moins de deux heures. Sa stabilité à température ambiante élimine la problématique de la chaîne du froid dans les climats tropicaux, améliore son efficacité et réduit les coûts de transport. Le test est adaptable à plusieurs plateformes de tests moléculaires, y compris l’instrument Genesig® q16 et q32 de Primerdesign, et peut donc être utilisé dans de petits et grands laboratoires, voire en POC si nécessaire. En France, le test est distribué par Atothis et Servibio.
Afin de faire face à la demande massive et mondiale que Novacyt a reçu, la société a acquis rapidement de grandes quantités de matières premières et a accru considérablement sa capacité de production par l’intermédiaire d’un sous-traitant en Europe continentale. La combinaison des deux capacités de production devrait permettre de fabriquer jusqu’à 2 millions de tests Covid-19 par mois, multipliant ainsi la capacité de production initiale par 10. En date du13 mars, Primerdesign a vendu et enregistré un montant de commandes de tests Covid-19, marqués CE ou destinés à la recherche, supérieur à 4,3 millions d’euros, dont la commande du Public Health England, agence gouvernementale du Royaume-Uni. Ce montant représente environ huit mois de chiffre d’affaires de la division en temps normal.

Eurobio, un marquage CE multiplexe

Le 18 février, Eurobio Scientific est le premier à recevoir le marquage CE pour un test PCR multiplexe en temps réel : le panel AllPlex™ Coronavirus. En effet, la société francilienne, ex-DiaxonHit, est le distributeur français exclusif du test développé et fabriqué en quelques semaines par le groupe coréen Seegene, son partenaire depuis plus de dix ans.
Le 3 mars, ayant reçu l’aval de l’ANSM après évaluation par le CNR, le groupe a débuté la commercialisation de son panel, exclusivement en France. Comme le précise la société, « le développement rapide de ce test et son marquage CE ont été rendus possibles du fait de la présence de nombreux malades positifs en Corée du Sud, où est localisé le siège de Seegene. La validation du CNR se base sur des séries d’évaluations pratiquées sur de vrais extraits d’échantillons scientifiques, prélevés sur des patients malades. »
Certains clients équipés de la plateforme Seegene ont déjà passé commandes pour ce nouveau test, déjà utilisé en Corée et en Italie. Il permet la détection et la différenciation simultanée dans un seul puits de PCR, en moins de deux heures, de 2 gènes d’identification du Covid-19. Ainsi, la technologie multiplexe détecte simultanément plus de 20 pathogènes respiratoires et différents génotypes de virus (grippe, coronavirus, VRS).
En parallèle, Eurobio Scientific a lancé son propre test EBX Coronavirus en RUO. Ce test PCR en temps réel multiplexé, pour la détection du virus SARS COv2, est directement utilisable sur tout instrument ouvert, y compris les systèmes portatifs. Il permet la détection en 1h15 des 3 gènes d’identification du virus tel que recommandé par l’OMS. La société, qui prépare le marquage CE, précise que « l’instruction du dossier dépend notamment de l’accès à un matériel biologique pour le moment rare en France et prendra le temps nécessaire ». La société a également établi un plan d’organisation et de production pour faire face à la future demande massive. Ce test peut être distribué aux laboratoires à l’échelle mondiale, puisqu’il est fonctionnel sur tous les instruments ouverts, en particulier les T-COR 8™ distribués en exclusivité par Eurobio Scientific en France et conçus pour les applications d’urgences, en test unitaire réalisé patient par patient, ou en POC.

ELITech Group, une autre collaboration coréenne

Le 3 mars, ELITechGroup annonçait la sortie du kit GeneFinder™ Covid-19 Plus RealAmp développé par la société coréenne Osang Healthcare. Le kit, certifié CE-IVD, détecte le SRAS-CoV-2 sur tous les principaux appareils de PCR ainsi que sur la plateforme ELITe InGenius®. Il y complétera le menu des 37 tests de maladies infectieuses certifiés CE-IVD déjà disponibles sur cet analyseur.
Le kit détecte le gène RdRP, le gène E et le gène N, en parfaite conformité avec les directives de l’OMS. Le contrôle interne endogène permet de confirmer la qualité de l’échantillon extrait.
M. Roberto Meda, vice-président de MDx ELITechGroup, et M. Sam Cho, vice-président exécutif, directeur du marketing d’Osang Healthcare se sont dit ravis de proposer la première solution «Sample-to-Result» pour la détection du virus du SRAS-CoV-2. La disponibilité rapide d’une telle solution a, là-aussi, été rendue possible grâce à la collaboration entre le groupe ELITech et la société coréenne. Osang Healthcare est un fabricant de dispositifs médicaux de diagnostic in vitro dans les domaines de la biochimie, de l’immuno-analyse et des diagnostics moléculaires, qui distribue ses produits dans plus de 100 pays depuis plus de 23 ans.

bioMérieux, 3 tests dont 2 automatisés

Le 11 mars, le français bioMérieux a annoncé le lancement à venir de 3 tests visant le Covid-19, déjà cliniquement validés et au marquage CE imminent. Si le premier vise les laboratoires hospitaliers et la recherche, les deux autres sont dédiés à l’utilisation à haut débit, dans les laboratoires de ville notamment.
Le test PCR en temps réel Argene SARS-CoV-2 R-Gene®, validé par le CNR sur prélèvement respiratoire, permet de tester une centaine de patients à la fois, dans tout laboratoire équipé de technique PCR et fournit un résultat en 3 ou 4 heures. Il devrait bénéficier rapidement d’un marquage CE et d’une autorisation d’utilisation en urgence auprès de la FDA américaine. Produit à Verniolle dans l’Ariège, il sera vendu dans plus de 160 pays. Selon bioMérieux, l’une des forces de ce test réside dans sa fiabilité en cas de mutation du virus, comme l’a expliqué Mark Miller, médecin et directeur exécutif des affaires médicales du groupe, à la revue Challenges : « Ce test a pour avantage d’assurer un diagnostic fiable du SARS-CoV-2, dans sa forme actuelle mais aussi en cas d’éventuelles mutations. »
D’autre part, un nouveau test totalement automatisé utilisant la technologie Biofire® Filmarray® a été développé avec le Département de la Défense américain. Utilisable pour le diagnostic individuel d’un patient en urgence, il offre un résultat en 1 heure. Détectant spécifiquement le SARS-CoV-2, il est destiné aux plateformes Filmarray® 2.0 et Filmarray® Torch (Photo 1), toutes deux marquées CE. Ce test a reçu l’autorisation d’utilisation en urgence de la FDA, et est en préparation du marquage CE sur ce second trimestre.
Enfin, bioMérieux va sortir une version « RP2.1 », soit une version étendue de son « panel respiratoire 2 Biofire® Filmarray® », intégrant le SARS-CoV-2 en plus des 21 pathogènes les plus fréquemment responsables d’infections respiratoires qu’il permet déjà de détecter, en environ 45 minutes. Ce panel sera également disponible sur les deux mêmes plateformes après réception des autorisations réglementaires, probablement au 3e trimestre 2020.
Là encore, ces 3 tests seront produits sur des sites (France et USA) bénéficiant de l’expertise nécessaire à la fabrication à l’échelle industrielle.

bioMérieux inclura le SARS-CoV-2 à son outil de diagnostic automatisé FilmArray au second trimestre 2020

Roche, un test à haut débit

Le 13 mars, Roche annonçait simultanément que son test cobas® SARS-CoV-2 était marqué CE et disponible en Europe, et qu’il avait reçu une autorisation d’utilisation d’urgence auprès de la FDA. Ce test est destiné à la détection qualitative du SRAS-CoV-2 dans des écouvillons nasopharyngés et oropharyngés pour les hôpitaux ou laboratoires de référence équipés des systèmes automatisés cobas® 6800 ou 8800 de la société suisse.
« La mise à disposition de tests de qualité et à fort volume nous permettra de répondre efficacement à ce que l’OMS a qualifié de pandémie », déclarait Thomas Schinecker, PDG de Roche Diagnostics.
Les systèmes entièrement automatisés cobas 6800/8800, répandus dans les laboratoires de ville, fournissent des résultats en 3h30 et à un débit élevé : jusqu’à 96 résultats en trois heures ; soit de 1440 résultats à plus de 4000 résultats par 24 heures selon l’automate utilisé. Le test peut être exécuté simultanément à d’autres fournis par la société. « Notre base installée est de 695 machines pour Cobas 6800 et de 132 pour Cobas 8800 », détaillait un porte-parole de Roche Diagnostics aux Echos.
Après autorisation, Roche prévoit de diffuser des millions de tests chaque mois, et s’engage à fournir autant de tests que possible, en allant jusqu’aux limites de sa capacité de production.
Comportant un contrôle négatif, un contrôle positif et un contrôle interne, le test cobas SARS-CoV-2 est un test à double cible à puits unique, qui comprend à la fois la détection spécifique de SARS-CoV-2 et de pan-sarbecovirus, soit la famille des sarbecovirus qui comprend le SARS-CoV-2.
La société précise que « les résultats négatifs n’excluent pas l’infection par le CoV-2-SARS et ne doivent pas être utilisés comme seule base pour les décisions de prise en charge des patients. » Ils doivent être combinés à la clinique, aux antécédents du patient et aux informations épidémiologiques.

Hologic mise sur l’automatisation

Le 17 mars, Hologic annonçait que le test SARS-CoV-2 de l’Institut Pasteur a été adapté par le laboratoire du CNR de Lyon pour être totalement automatisé sur son système Panther Fusion®. Ces tests aujourd’hui réalisés en routine dans les CHU de Lyon et Toulouse permettent de répondre aux besoins croissants liés à l’épidémie. Le test a également reçu l’autorisation d’utilisation d’urgence de la FDA aux USA, où la société vient d’installer son 1000e appareil. Les résultats sont délivrés en 2h30.
Selon Antoine Bara, directeur général de Hologic France, « la fonctionnalité Open Access a été spécialement conçue pour offrir toute la souplesse nécessaire aux centres experts afin d’automatiser leurs propres tests et de faire face efficacement aux menaces émergentes le plus rapidement possible, tout en continuant de répondre aux autres besoins diagnostiques, la machine pouvant réaliser simultanément plusieurs types de tests ».
Il existe en France plus de 50 systèmes Panther® déjà installés, parmi lesquels 8 CHU équipés en Panther Fusion®. Le système Panther® peut traiter jusqu’à 320 échantillons en 8 heures, pour le diagnostic de nombreux agents pathogènes : VIH, VHC, VHB, HPV, ainsi qu’une large gamme de virus respiratoires et de bactéries responsables d’infections sexuellement transmissibles.

Des innovations de par le monde

De nombreuses sociétés de biotechnologies et instituts de recherche tout autour du globe cherchent à se faire une place dans cette course au test de dépistage ; en voici quelques exemples.
La société Abbott a lancé son propre test, actuellement réservé aux marchés américains où il a également reçu l’autorisation d’utilisation en urgence. La société a immédiatement expédié 150 000 tests aux laboratoires équipés de son sytème m2000™ Real Time, et a augmenté ses capacités de production pour atteindre une capacité d’un million de tests par semaine. 175 laboratoires à travers le pays sont équipés de ce système.
La société californienne Cepheid a obtenu l’autorisation américaine d’utilisation en urgence, et en priorité dans les hôpitaux, pour un nouveau test délivrant des résultats en 45 minutes. La société Eurofins, en plus des États-Unis et de l’Allemagne, propose désormais des tests de détection du SRAS-CoV-2 en France, en Espagne et au Brésil, les Pays-Bas devant commencer le traitement des échantillons sous peu. La capacité mondiale créée est actuellement d’environ 10.000 tests par jour répartis à peu près également entre l’Europe et l’Amérique.
L’université d’Oxford a mis au point un test rapide : le prélèvement nasal est réparti en trois flacons où ils réagissent directement avec le réactif de détection de l’ARN viral. Après 30 minutes, si deux flacons passent du rose au jaune (le 3e flacon servant de témoin), le test est positif (Photo 2).
Nécessitant peu de matériel technologique, si ce n’est un bloc chauffant pour maintenir l’ARN à température, ce test peut être particulièrement utile dans les régions rurales ou les centres de soins montés en urgence.

Le test de l’Université d’Oxford :
un résultat visible à l’œil nu

Autres réactifs marqué CE et distribué en France (au 19 mars 2020) (1)

• Standard M nCoV Real-Time Detection kit (SD Biosensor via Orgentec)
• Viasure SARS-CoV-2 Real Time PCR Detection (Certest via Orgentec)
• Viasure SARS-CoV-2 S gene (Certest via BD (1 cible))
• VitaPCR SARS-CoV-2 Assay (Credo Biomedical/Trentron Biomedical via Biosynex (1 cible))
• Presto 2019-nCoV Direct qPCR kit (AAZ)
• Virella SARS-CoV-2 seqc real time RT-PCR kit (Gerbion via AAZ (1 cible))
• Novel Coronavirus (2019-nCoV) Nucleic acid diagnostic kit (PCR Fluorescence probing) (Sansure Biotech via BlueDNACompanion)
• AmoyDx Novel Coronavirus (2019-nCoV) Detection kit (Amoy Diagnostics via BlueDNAcompanion)
• Novel Coronavirus (2019-nCoV) Nucleic acid detection kit (Fluorescence PCR method) (Suzhou Tianlong Biotechnology via ABL)
• Bosphore Novel Coronavirus (2019-nCoV) Detection kit v2 (1 mastermix) (Anatolia Geneworks via LaunchDiagnostics)
• Bosphore Novel Coronavirus (2019-nCoV) Detection kit (2 mastermix) (Anatolia Geneworks via LaunchDiagnostics)
• Vitassay qPCR SARS-CoV-2 (Vitassay Healthcare via Servibio)
• Mutaplex Coronavirus real time PCR kit (Immundiagnostik via Servibio (1 cible))

(1) Ministère des solidarités et de la santé
https://solidarites-sante.gouv.fr

• Abbott – www.abbott.com
• ABL S.A. – www.ablsa.com
• BD, Becton Dickinson – www.bd.com/fr-fr
• bioMérieux – www.biomerieux.fr
• Biosynex – www.biosynex.com
• BlueDNACompanion – www.bluednacompanion.fr
• Cepheid – www.cepheid.com
• ELITech Group – www.elitechgroup.com/france
• Eurobio Scientific – www.eurobio.fr
• Eurofins – www.eurofins.fr
• Hologic – www.hologic.com
• LaunchDiagnostics – www.launchdiagnostics.com/francais
• Novacyt – https://novacyt.com/fr/
• Orgentec – www.orgentec.fr
• Roche Diagnostics – www.roche-diagnostics.fr
• Servibio – www.servibio.com
• Université d’Oxford – www.ox.ac.uk/coronavirus-research


BIOLOGIE MOLECULAIRE

Un outil pour stratifier les patients atteints de MICI

Theradiag, fort de son expertise du monitoring des biothérapies, permet à chaque patient malade d’une MICI de suivre l’efficacité de son traitement par biothérapie avec la solution Tracker©.
Désormais, dès le diagnostic, la solution PredictSure IBD™ offre aux cliniciens et surtout aux patients l’opportunité de déterminer la sévérité de leur maladie et ainsi d’avoir un aperçu de l’évolution future de leur maladie.
Les résultats du test moléculaire apportent les informations adéquates pour adapter au mieux le traitement dès le début de la maladie et faire des choix de mode de vie plus éclairés.
Ainsi, l’offre globale de Theradiag pour les patients atteints de MICI assure un accompagnement plus complet depuis le test prédictif de la sévérité lors du diagnostic au monitoring du traitement tout au long du parcours des patients.

Theradiag


BIOLOGIE MOLECULAIRE

L’innovation technique en typage HLA

Leader en immunohématologie depuis des années et fort de son expérience, Immucor s’est impliquée dans le domaine de la transplantation d’organe avec la mise au point de sa solution Mia Fora Flex permettant le typage HLA. Afin d’offrir des tests précis et fiables, la société a développé cette nouvelle gamme MiaFora MFlex. Soucieux de ses patients et de la rapidité du rendu de leurs résultats, elle améliore sa dernière solution NGS pour proposer une technique de séquençage HLA en multiplexe.
Grâce au multiplexing, les nouveaux kits vont permettre de réduire le nombre de tests avec une optimisation des flux et une réduction de la durée d’analyse technique. Le multiplexage permet donc à l’utilisateur d’amplifier dans un seul puits les gènes A / B / C / DRB1 / DRB345 / DQA1 / DQB1 / DPA1 / DPB1 avec un seul programme de PCR (classe I et classe II combinées). Le pooling et l’indexation des échantillons sont ici grandement facilités.
Pour accompagner ce kit d’un logiciel performant, la société lance également la dernière version du logiciel MiaFora, la version 4.5. Cette nouvelle version a réduit drastiquement le temps d’analyse des résultats par l’utilisateur permettant de le libérer pour d’autres tâches. Le logiciel dispose de trois algorithmes uniques permettant d’obtenir un résultat précis et fiable. L’utilisateur a accès en temps réel et sans contrainte à toutes les données de l’échantillon obtenu lors du séquençage.

IMMUCOR France S.A.S.


HEMOSTASE

Test en version liquide du fibrinogène fonctionnel

Le kit Fibriphen™ LRT (Liquid Reagent Technology), fabriqué par Hyphen BioMed (HBM) et distribué par Sysmex France, est un nouveau coffret, en version liquide prête à l’emploi, destiné au dosage du fibrinogène fonctionnel, selon la méthode de Clauss. Ce dosage est basé sur la détermination de la capacité du fibrinogène présent dans un plasma citraté dilué, à former un réseau de fibrine polymérisé grâce à l’action de la thrombine ajoutée en quantité constante et en large excès.
Cette nouvelle présentation en « tout liquide » reprend toutes les caractéristiques du kit Fibriphen™, en version lyophilisée, avec toujours une stabilité à bord des automates supérieure à 10 jours1 et une disponibilité immédiate après 5 minutes de stabilisation. Le réactif, composé de Thrombine bovine calcique à 100 NIH, est conçu, grâce à une technologie HBM, pour conserver la même concentration en thrombine jusqu’à sa date de péremption sans perte d’activité. Une large zone de mesure est possible, dépendant de chaque système analytique, celle-ci est d’environ 0,25 à 12 g/L avec re-dilution2.
Ce kit vient ainsi enrichir la gamme des réactifs de routine chronométrique, prêts à l’emploi, disponibles sur les analyseurs d’hémostase CS Series.

1 Nécessité sur certains automates d’utiliser un réducteur d’évaporation
2 Zone de mesure déterminée sur automate Sysmex CS-Series


Sysmex France


HEMOSTASE

Test en version liquide du temps de Thrombine

Le kit Hemoclot™ Thrombin Time LRT (Liquid Reagent Technology), fabriqué par Hyphen BioMed (HBM) et distribué par Sysmex France, est un nouveau coffret, en version liquide prête à l’emploi, destiné à la mesure du temps de thrombine. Il mesure le temps nécessaire à la coagulation induit par une quantité contrôlée et constante de thrombine bovine, en présence de calcium dans un plasma citraté.
La thrombine bovine purifiée, utilisée dans la conception de ce test est sous forme α, ce qui confère au kit Hemoclot™ Thrombin Time une sensibilité optimisée. La durée de stabilité à bord des automates a aussi été significativement améliorée, passant désormais à 14 jours au lieu de 7 jours auparavant.
Ce kit vient compléter la gamme de réactifs liquides, directement prêts à l’emploi, des réactifs de routine disponibles sur les analyseurs Sysmex CS-Series.

Sysmex France


EQUIPEMENT DE LABORATOIRE

Nouveaux racks plus économes en plastique

Les nouveaux Racks ECO d’Integra ont été conçus pour réduire la consommation de plastique et optimiser l’espace de recyclage. Disponibles pour les GripTips standards de 12,5 à 1 250 μl – en versions 96 et 384 pointes – ces racks contiennent 60 % moins de plastique, tout en respectant les niveaux élevés de qualité de la société.
La combinaison des Racks ECO avec la boîte unique PopTop d’Integra promet d’apporter stabilité, confort et facilité pendant le pipetage. La boîte PopTop a été conçue pour pouvoir être utilisée d’une seule main et s’ouvre par une simple pression sur le couvercle, ce qui permet de remédier au problème récurrent de devoir poser la pipette pendant que l’on travaille. Le risque d’erreurs diminue fortement lors des séances de pipetage, ce qui simplifiera le travail et aidera à obtenir les meilleurs résultats possibles.
Le fait de passer aux Racks ECO pour les pipettes portables réduira considérablement la quantité de plastique utilisée au laboratoire ; de plus, les racks vides se compriment facilement pour minimiser l’espace nécessaire dans le bac de recyclage du laboratoire. Pour une alternative encore plus écologique, la boîte robuste PopTop est également compatible avec les recharges Green Choice de la société suisse.

Integra Biosciences


EQUIPEMENT DE LABORATOIRE

Pipette à écartement automatique des pointes

La pipette à écartement automatique des pointes Voyager d’Integra Biosciences est une solution polyvalente pour le transfert d’échantillons à partir de tubes vers des plaques ou des microplaques 96 puits en 384 puits. Différentes versions sont disponibles, en 4, 6, 8 ou 12 canaux, s’adaptant ainsi à une grande variété d’applications de culture génomique, protéomique et cellulaire. L’espacement des pointes peut être réglé automatiquement de 4,5 à 33 mm par simple pression d’un bouton, ce qui permet de transférer simultanément plusieurs échantillons en un clin d’œil, jusqu’à 12 fois plus rapidement qu’avec des pipettes monocanales traditionnelles.
Le réglage d’une seule main à l’aide d’un bouton-poussoir permet d’effectuer facilement les transferts simultanés d’échantillons, augmentant ainsi la vitesse et le débit. En plus de ce gain de temps, la pipette électronique Voyager permet de prévenir les erreurs de pipetage – en réduisant les étapes de transfert – et diminue les risques de microtraumatismes répétés. L’interface intuitive à molette tactile donne à l’utilisateur un moyen rapide et ergonomique de modifier les paramètres de pipetage, et un choix de 10 préréglages et jusqu’à 40 protocoles définis par l’utilisateur permettent d’accroître encore plus la productivité.
La pipette Voyager s’utilise avec les pointes de pipette exclusives GripTip de la société suisse – dans des plages de volume comprises entre 0,5 et 1250 µl – conçues pour ne jamais se desserrer, fuir ou se décrocher, garantissant des résultats fiables.
Les laboratoires peuvent désormais calculer leur retour sur investissement, quant aux gains de temps et d’argent, lors de l’achat de cette pipette, en utilisant le calculateur de RSI d’Integra.

Integra Biosciences

VIE DES SOCIÉTÉS

Thermo Fisher Scientific acquiert Qiagen

Thermo Fisher Scientific Inc. et Qiagen NV, l’un des principaux fournisseurs mondiaux de diagnostics moléculaires et de technologies de préparation d’échantillons, ont approuvé la proposition du premier d’acquérir le second pour 39 € par action, soit 23 % de plus que le prix de l’action de Qiagen la veille de l’accord (2 mars 2020). Ceci valorise la société néerlandaise à environ 11,5 milliards de dollars, dont 1,4 milliard de dollars de dette nette.
Employant environ 5 100 personnes sur 35 sites dans plus de 25 pays, Qiagen a généré en 2019 un chiffre d’affaires de 1,53 milliard de dollars. Selon Thierry Bernard, DG intérimaire de la société néerlandaise, vice-président senior et responsable du secteur d’activité des diagnostics moléculaires, cette étape « est conçue pour apporter une valeur monétaire importante à nos actionnaires, tout en nous permettant d’accélérer l’expansion de nos solutions ».
Thermo Fisher Scientific Inc. compte plus de 75 000 employés pour une combinaison variée de technologies, de commodité d’achat et de services pharmaceutiques grâce à ses marques leaders du secteur, notamment Thermo Scientific, Applied Biosystems, Invitrogen, Fisher Scientific, Unity Lab Services et Patheon.

Les 4 avantages majeurs de cette fusion

1/ Elargir leur offre commune en diagnostics spécialisés : Thermo Fisher, reconnu pour ses diagnostics spécialisés – allergie, auto-immunité, transplantation, oncologie clinique – s’adjoint ainsi l’expertise de Qiagen dans le diagnostic moléculaire, notamment sur les tests de dépistage des maladies infectieuses.
2/ Compléter leurs offres de pointe en sciences de la vie : pour les chercheurs, les technologies innovantes de Qiagen en matière de préparation d’échantillons, de tests et de bio-informatique sont complémentaires de celles de Thermo Fisher en matière d’analyse génétique et de biosciences.
3/ Elargir la portée commerciale et géographique de leurs offres : Thermo Fisher pourra tirer parti de sa vaste portée commerciale, notamment grâce à la clientèle Fisher Scientific et de ses plates-formes de commerce électronique complètes, pour offrir à ses clients le large portefeuille de produits de Qiagen. Pour ce dernier, c’est l’occasion de davantage investir les marchés émergents et à forte croissance sur lesquels Thermo Fisher est bien implanté.
4/ Offrir des avantages financiers : la transaction devrait être immédiatement rentable en termes d’actions. Thermo Fisher s’attend à réaliser des synergies totales de 200 millions de dollars d’ici la troisième année suivant la clôture, dont 150 millions de dollars de synergies de coûts et 50 millions de dollars de bénéfice d’exploitation ajusté grâce aux synergies de revenus.

Qiagen N.V.
Thermo Fisher Scientific Inc.


BYG Informatique et InfoPartner (Partner4Lab) fusionnent

Le 28 Février, Byg Informatique a annoncé l’acquisition de l’ensemble des activités de la société InfoPartner (Partner4Lab). Partner4lab, éditeur de logiciels situé à Nancy, est spécialisé dans les domaines de l’épidémiologie, de l’hygiène et plus globalement de solutions Middleware permettant le pilotage de l’activité bactériologique des laboratoires de biologie médicale.
« Cette acquisition est parfaitement en ligne avec notre objectif de proposer à nos partenaires et clients des solutions globales permettant d’améliorer la production, la qualité et le pilotage de l’activité de leurs laboratoires. Partner4lab a une expertise et une base installée importante en bactériologie, épidémiologie et hygiène au travers des suites logiciels Infectio et Pilot4lab. Ces activités sont parfaitement complémentaires de celles de BYG. Par ailleurs, notre ADN et notre positionnement stratégique sont identiques : une indépendance qui n’exclue pas le partenariat. Le groupe compte aujourd’hui plus de 65 collaborateurs et constitue le 1er groupe européen dans son domaine. Nous avons un rôle à jouer pour accompagner nos clients dans l’évolution de leur métier et l’acquisition de partner4lab renforce cette position » a expliqué Cyril Verhille, CEO de BYG Informatique et de partner4lab.
« L’acquisition de partner4lab par BYG est exactement ce que nous souhaitions : pouvoir donner une nouvelle dimension à partner4lab en intégrant une entreprise capable de valoriser son profond savoir-faire en bactériologie et en épidémiologie. BYG est une entreprise à taille humaine tournée vers la satisfaction de ses clients et ayant une forte capacité d’innovation. La perspective d’unifier nos forces est très excitante pour les équipes » explique Thierry Alliotte, président d’IHS Project et ancien président de partner4lab.

Byg Informatique
Partner4lab


PROFESSION

HAS : Vers un programme de dépistage néonatal de 13 maladies

Actuellement en France, le programme national de dépistage néonatal concerne 5 maladies, recherchées à partir d’une goutte de sang recueillie sur papier buvard : la phénylcétonurie, l’hypothyroïdie congénitale, la drépanocytose, l’hyperplasie congénitale des surrénales et la mucoviscidose. Suite à la recommandation de la HAS, le dépistage du déficit en acyl-CoA déshydrogénase des acides gras à chaînes moyennes (MCAD) va être intégré au programme en 2020.
Or, l’innovation technique représentée par la spectrométrie de masse en tandem permet aujourd’hui de multiplier le nombre de maladies dépistées à la naissance, à partir d’un même prélèvement sanguin. La HAS a donc évalué la pertinence d’étendre le dépistage néonatal par cette technique à 24 erreurs innées du métabolisme et a ensuite émis, en février, de nouvelles recommandations. Plus précisément, elle a défini les critères de sélection et les a appliqués pour évaluer l’intérêt de leur dépistage. Bien que rares, ces pathologies graves et héréditaires ont un impact global sur la morbi-mortalité. Un diagnostic précoce permettrait d’en guider la prise en charge.
Sur les 24 pathologies évaluées, la HAS préconise l’introduction de 7 d’entre elles dans le programme national de dépistage néonatal par spectrométrie de masse : la leucinose (MSUD), l’homocystinurie (HCY), la tyrosinémie de type 1 (TYR-1), l’acidurie glutarique de type 1 (GA-1), l’acidurie isovalérique (IVA), le déficit en déshydrogénase des hydroxyacyl-CoA de chaîne longue (LCHAD), et le déficit en captation de carnitine (CUD). Parmi les 17 pathologies non retenues, certaines seront réévaluées d’ici 3 ans, pour tenir compte des avancées scientifiques attendues.
Cet élargissement du programme de dépistage va nécessiter une évolution de l’organisation des 13 centres d’expertise existants à ce jour en France mais aussi des maternités. Pour les centres, dont le nombre doit rester limité pour maintenir une expertise poussée, l’enjeu sera de gérer l’augmentation du nombre d’analyses différentes pour chaque échantillon recueilli. Pour les maternités, l’organisation doit permettre la coordination entre biologistes et cliniciens en particulier pour réaliser le prélèvement entre 48 et 72h après la naissance, et transmettre les buvards au laboratoire dans un délai maximum de 24h.
Enfin, la HAS a assorti cette recommandation générale de recommandations pratiques, quant aux modalités techniques, matérielles, algorithmiques ou encore d’informations aux parents, de formations des personnels concernés et d’adéquation des moyens humains et financiers dédiés à la mise en œuvre et au suivi de ce dépistage.

HAS


Le test HPV enfin remboursé pour le dépistage primaire du CCU

Le programme national de dépistage organisé du cancer du col de l’utérus, démarré début 2019, voit ses modalités évoluer en profondeur suite aux nouvelles recommandations de la HAS l’été dernier. Dorénavant, le test HPV, qui était auparavant de seconde intention, devient le test de dépistage premier pour les femmes de 30 à 65 ans.

Depuis l’arrêté du 4 mai 2018, le dépistage du cancer du col de l’utérus (CCU) s’appuyait sur un programme national de dépistage organisé (PNDO), à savoir un examen cytologique chez les femmes asymptomatiques de 25 à 65 ans tous les 3 ans. Ce dépistage organisé avait ainsi démarré début 2019, alors que la place des tests HPV dans cette stratégie soulevait déjà des questions. Priorité était donc donnée à la mise en place du programme de dépistage du CCU.
Au regard de l’évolution du contexte de dépistage (cf. Encadré) et de la disponibilité de nouvelles données scientifiques, la DGS a souhaité que la HAS réévalue la place du test HPV dans la stratégie de dépistage du CCU.

La HAS rejoint les conclusions 2016 de l’INCa

L’examen cytologique (frottis cervico-utérin ou FCU) détecte les lésions précancéreuses avec une sensibilité de 51 à 53 % et une spécificité de 96 à 98 %. Son interprétation est subjective et variable selon les observateurs. Le test de l’HPV permet la détection des acides nucléiques des génotypes d’HPV à haut risque, non pour identifier ces infections en elles-mêmes mais celles associées au risque de développer une lésion cervicale précancéreuse ou cancéreuse.
D’après les résultats de l’étude comparative rendus par la HAS en juillet 2019, le test HPV présente une meilleure sensibilité pour la détection des lésions précancéreuses et est plus efficace pour réduire l’incidence des lésions précancéreuses et des cancers chez les femmes de plus de 30 ans. Il offre une durée de protection plus longue contre les lésions précancéreuses et le cancer invasif après un test négatif mais sa spécificité pour détecter les lésions précancéreuses est moindre. De plus, chez les femmes de moins de 30 ans la prévalence de ces infections est élevée et il existe un risque de sur-diagnostic.

Le test HPV recommandé en première intention

S’appuyant sur ces conclusions, la HAS a formulé ses recommandations, pour les femmes concernées, à savoir les femmes immuno-compétentes, n’ayant pas eu d’hystérectomie totale et âgées de 25 à 65 ans, vaccinées ou non contre les HPV (1).
Tout d’abord, pour les femmes de 25 à 30 ans, la HAS a recommandé le maintien des modalités de dépistage : 2 FCU à un an d’intervalle, puis 3 ans après si les deux premiers sont normaux. Pour les femmes âgées de 30 à 65 ans, en revanche, le test HPV devient le dépistage de première intention du CCU. Le premier test HPV sera réalisé 3 ans après le dernier des FCU recommandés entre 25 et 30 ans, puis sera réitéré tous les 5 ans, tant que les résultats sont négatifs.
Les recommandations intègrent également la nécessité de proposer aux patientes, à partir de 30 ans, de réaliser un auto-prélèvement vaginal (APV). Cette alternative au prélèvement cervical par un professionnel de santé pourrait permettre de faciliter le dépistage des femmes qui ne se font jamais, ou pas assez souvent, dépistées.
En cas de test HPV positif, pour les femmes de 30 à 65 ans, le triage sera effectué grâce à un examen cytologique réflexe.
– si le résultat cytologique est ASC-US ou anomalies plus sévères, la femme doit être rappelée pour colposcopie ;
– si le résultat cytologique est négatif, un test HPV est réalisé un an après. Si ce second test HPV est positif, une colposcopie doit être faite ; sinon, un test HPV est proposé 5 ans plus tard.
Quant au double immuno-marquage p16/Ki67 dans cette stratégie, son utilisation n’est actuellement recommandée ni en première ni en seconde intention.

L’Uncam suit la bascule

Afin d’accompagner la réalisation de cette bascule des pratiques, la liste des actes remboursés a été modifiée pour introduire les tests de détection du génome des papillomavirus humains oncogènes, par les laboratoires de biologie moléculaire accrédités, tant pour le dépistage individuel que pour le dépistage organisé. Le tarif est fixé à 27 euros et sera valable au 1er avril (2, 3).
Reste aux laboratoires, tant de biologie moléculaire que d’anatomo-pathologie, la tâche de se réadapter à cette nouvelle distribution des pratiques.

Infection à HPV et épidémiologie des CCU

Environ 40 types de papillomavirus humains infectent les épithéliums muqueux et sont classés en fonction de leur potentiel oncogène : les types à risque faible ou nul (ex : 6 et 11) et ceux à haut risque pouvant provoquer CCU et autres cancers. Aujourd’hui, 12 HPV sont des cancérogènes avérés, les HPV 16 et 18 étant les plus fréquents.
Environ 80 % des personnes sexuellement actives seront infectées, le plus souvent sans symptôme. 9 fois sur 10, l’infection disparaît après 2 ans. Si elle persiste, elle peut causer le CCU. En juillet 2019, la HAS rapportait près de 3 000 nouveaux cas de cancers invasifs en France et plus de 1 000 décès par an. Les trois quarts des cas sont diagnostiqués chez des femmes de 25 à 64 ans, et le taux de couverture du dépistage atteint à peine 60 %.

(1) HAS, Evaluation de la recherche des papillomavirus humains (HPV) en dépistage primaire des lésions précancéreuses et cancéreuses du col de l’utérus et de la place du double immuno-marquage p16/Ki67, décision n°2019.0143/DC/SEESP, 10 juillet 2019
(2) Avis n°2019.0055/AC/SEAP du 2 octobre 2019 du collège de la HAS relatif à la modification de l’inscription sur la liste des actes et prestations mentionnée à l’article L. 162-1-7 du code de la sécurité sociale, d’actes de recherche de l’acide désoxyribonucléique des papillomavirus humains, et de cytologie cervico-utérine
(3) JO, Décision du 8 janvier 2020 modifiant la décision du 11 mars 2005 de l’Union nationale des caisses d’assurance maladie relative à la liste des actes et prestations pris en charge par l’assurance maladie NOR : SSAU2002948S


SCIENCES

Les lymphocytes B : de nouveaux alliés
pour le traitement des sarcomes par immunothérapie ?

Structure lymphoïde tertiaire,
riche en lymphocytes B (violet)

Les sarcomes des tissus mous sont un groupe hétérogène de cancers agressifs et résistants à la chimiothérapie qui touchent les tissus mous de l’organisme. Seuls 15 % des patients répondent à l’immunothérapie d’où l’importance d’identifier des marqueurs prédisant cette réponse. Cependant, jusqu’à aujourd’hui, cette stratégie se focalisait essentiellement sur les lymphocytes T.
Une équipe menée par Wolf Hervé Fridman – regroupant Inserm, Sorbonne Université et Université de Paris, en collaboration avec l’équipe Carte d’identité des tumeurs de la Ligue nationale contre le cancer, l’Institut Bergonié, et des équipes américaines et taïwanaises – s’est penchée sur la question de l’identification d’autres marqueurs potentiels.
Analysant 608 tumeurs, les chercheurs les ont classées en trois groupes selon leur microenvironnement tumoral : les tumeurs immunologiquement pauvres (pauvres en cellules immunitaires et peu vascularisées), les tumeurs fortement vascularisées et enfin les tumeurs immunologiquement riches. Ces dernières présentent des agrégats de différents types cellulaires riches en lymphocytes B, appelés structures lymphoïdes tertiaires. Les chercheurs ont observé qu’une réponse immunitaire antitumorale s’initiait en leur sein, montrant par-là que les lymphocytes B pourraient jouer un rôle antitumoral.
De plus, dans un essai clinique de phase 2, les patients présentant des tumeurs immunologiquement riches ont montré un taux de réponse élevé (50 %) à une immunothérapie : le pembrolizumab. Ces patients avaient en outre un taux de survie plus élevé que ceux présentant des tumeurs immunologiquement pauvres ou fortement vascularisées.
Une seconde étude d’une équipe américaine, cosignée par l’équipe de Wolf Hervé Fridman et publiée en parallèle, a permis d’étendre ces observations au mélanome et au cancer du rein.
Les résultats de ces études montrent qu’en plus des lymphocytes T habituellement étudiés, les lymphocytes B seraient essentiels dans la réponse à l’immunothérapie pour certains cancers. Ils apportent un nouvel espoir pour le traitement des sarcomes des tissus mous, cancers particulièrement résistants aux thérapies classiques. De plus, dans un objectif de médecine personnalisée, ces résultats pourraient aider à guider la prise de décision clinique et le traitement des patients grâce à un simple test permettant d’identifier ceux ayant des tumeurs immunologiquement riches.
Sur la base de ces résultats, un premier essai clinique français coordonné par Antoine Italiano (Institut Bergonié, Université de Bordeaux), co-auteur du premier article, et incluant des patients présentant des tumeurs immunologiquement riches est actuellement en cours au sein du Groupe Sarcome Français.

• PETITPREZ F et al., B cells are associated with sarcoma survival and immunotherapy response, Nature, 2020, 577:556–560
• HELMINK B A et al., B-cells and tertiary lymphoid structures contribute to immune checkpoint blockade response, Nature, 2020, 577:549–555


Projet international et nouvelle méthode diagnostique
pour le cancer du pancréas

Dans le cadre de sa collaboration avec le professeur Weiling Fu, directeur du département clinique d’analyse médicale de l’Hôpital du Sud-Ouest (affilié à la 3e Université Médicale Militaire de Chongqing en Chine), Marc Lamy de la Chapelle, professeur à l’Institut des Molécules et Matériaux du Mans (IMMM – UMR 6283) de Le Mans Université a obtenu un projet international avec la Chine : le Programme Major International Joint Research Project.
L’avantage offert contre la maladie par un diagnostic précoce peut être considérable. Ceci passe notamment par la détection de biomarqueurs de maladie en très faibles concentrations dans les fluides corporels, soit un réel défi en raison de la complexité des milieux à analyser et de la sensibilité des méthodes actuelles.

Une nouvelle méthode de détection

Dans un tel contexte, le projet international propose le développement d’un nouveau type de biocapteur combinant les méthodes spectroscopiques, les nanotechnologies et les biotechnologies. En effet, le signal spectroscopique des biomarqueurs peut être directement relié à leur structure et peut être considéré comme une véritable signature spectrale. Il est donc possible d’identifier sans ambiguïté la présence d’un biomarqueur dans un milieu complexe. Malheureusement, ce signal spectral est en général faible et ne permet pas en l’état de proposer une détection précoce. Pour remédier à ce problème, les recherches menées par Marc Lamy de la Chapelle proposent d’exploiter les propriétés optiques de nanoparticules métalliques.
Ces propriétés permettent d’exalter de manière considérable le signal spectroscopique des biomarqueurs accrochés à leur surface et donc ouvrent la voie à une détection en très faible concentration. Un tel nanocapteur spectroscopique doit donc permettre une identification et une quantification des biomarqueurs dans des fluides corporels. L’objectif est alors de pouvoir dépasser les seuils de détection atteints par les méthodes cliniques actuelles et de proposer une nouvelle méthodologie en vue de son application à une problématique médicale.

Cancer du pancréas : un dépistage précoce essentiel

L’application visée est la détection du cancer du pancréas. Même si le cancer du pancréas est le 12e type de cancer le plus répandu dans le monde, son pronostic est un des plus défavorables avec un taux de mortalité de pratiquement 100 % et un taux de survie à 5 ans de seulement 7 %. À l’heure actuelle, le seul traitement curatif potentiel, la résection chirurgicale, n’est pas possible au stade avancé de la maladie. De plus, les traitements en chimiothérapie présentent des résultats très faibles et de nombreux effets secondaires. Il est alors primordial de pouvoir diagnostiquer un tel cancer le plus tôt possible afin d’offrir le traitement approprié et d’améliorer les soins aux patients. Récemment, plusieurs biomarqueurs (protéines, brins d’ARN) détectables dans les fluides corporels (sang, urine…) ont été proposés. Ainsi, les recherches de l’IMMM proposent de détecter ces marqueurs de tumeur pancréatique directement dans le sang et à des concentrations largement inférieures aux méthodes actuellement utilisées cliniquement afin de fournir un diagnostic précoce in vitro du cancer du pancréas.
Doté d’un budget de 400 000 € sur une durée de 5 ans (2020-2024), ce projet permettra non seulement de développer une nouvelle approche scientifique interdisciplinaire – à l’interface entre physique, biologie et médecine, allant de la conception du capteur jusqu’à son application clinique – mais il permettra également de renforcer le positionnement et la visibilité de l’IMMM et de Le Mans Université à l’échelle internationale.

Le Mans Université